Budi Waseso afirmou que os répteis frequentemente são melhores guardas do que os humanos ─ e não aceitam suborno.
Ele disse que visitaria diferentes partes do arquipélago que forma a Indonésia para achar os melhores crocodilos.
A Indonésia tem algumas das leis mais duras contra o tráfico de drogas do mundo. Em 2013, o país encerrou uma proibição temporária para execuções que durou quatro anos.
Neste ano, dois brasileiros condenados por tráfico de drogas, Marco Archer Cardoso Moreira e Rodrigo Gularte, foram executados por fuzilamento.
"Nós vamos colocar quantos crocodilos quanto pudermos", disse Waseso ao site de notícias local Tempo.
"Você não pode subornar crocodilos. Não pode convencê-los a deixar os prisioneiros escapar".
O plano ainda está em fase inicial. Autoridades ainda não decidiram sobre a localização nem a inauguração da prisão, informou a agência de notícias AFP.